Detailansicht

Acronym

IMMUBASE

Titel

PI 1558/1-1 Vergleichende Immungenomik an der Basis der Vielzeller- IMMUBASE

Kurzbeschreibung

Vielzelliges Leben entstand im Meer in unmittelbarer Nähe von Mikroben (Archaen, Bakterien und Viren). Tierarten an der Basis des Metazoenstammbaumes, wie Nesseltiere, Ctenophoren und Schwämme, leben in einer mikrobiellen Suspension, dem Meerwasser, seit ihrer Entstehung im Präkambrium. Während die mikrobielle Seite dieser Wechselwirkung im Zentrum des Projektes "Ursprung und Funktion von Metaorganismen" steht, zielt dieser Vorschlag darauf ab, die Genome von acht Wirtsarten basaler Metazoen (Schwämme, Nesseltiere, Ctenophoren) im Detail zu erforschen, mit dem Ziel einer vertieften Analyse des basalen Immunsystems. Um dieses Ziel zu erreichen, werden wir Genome mit der Chromium 10x Genomik-Technologie bis nahe der Chromosomenebene sequenzieren, assemblieren und annotieren. Die Identifizierung von immunrelevanten Rezeptoren, Signalwegen und Genen, die für die Kommunikation zwischen Organismenreichen verantwortlich sind (z.B. Quorum-Quenching), wird durch eine Kombination von Homologie- und domänenbasierten Analysen, Transkriptomanalysen über RNAseq und Genom-Scans in kontrastierenden Habitaten erreicht. Experimente mit wiederholter Exposition durch verschiedene bakterielle Stämme in homologen und heterologen Kombinationen werden es erlauben, Rückschlüsse auf die molekulargenetische Basis von Immun-Priming zu ziehen. Die Generierung einer umfassenden molekulargenetischen Datenressource, welche qualitativ hochwertiger Genome, Transkriptome und populationsgenomische Daten mit Fokus auf der Annotation von Immungenen umfasst, wird den Weg für spätere funktionelle Analysen der vermeintlichen Immunfunktion mithilfe von Gen-Editing-Ansätzen ebnen.

Start

Oktober 2019

Ende

September 2022

Bewilligungssumme (gesamt)

119000

Bewilligungssumme (GEOMAR)

-

Zuwendungsgeber / Programm

DFG /

Koordination

Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel (GEOMAR), Germany

Kontakt

Lucia Pita Galan

Partner

University Kiel (CAU)
Germany