Kobaltkrusten entstehen auf allen freiliegenden Gesteinsoberflächen an untermeerischen Erhebungen, vor allem auf Seamounts. Die Gesteins­oberflächen nehmen Metalle aus dem umgebenden Meerwasser auf und bilden in einem langem Zeitraum von Millionen Jahren daraus Beläge aus Eisen- und Mangan­oxiden, deren Dicke, abhängig vom Alter der Seeberge, von wenigen Millimetern bis zu ein paar Dezimetern reicht.

Zum Teil wirken Seamounts wie gigantische Rührstäbe im Meer, die große Wirbel erzeugen. in denen auch Metallverbindungen enthalten sind, die sich dann auf dem Gestein ablagern. Eine weitere wichtige Voraussetzung für die Bildung von Kobaltkrusten ist, dass der Fels oder die aufwachsenden Krusten frei von Ablagerungen sind. Auch hierfür sind die Bedingungen an Seebergen ideal: Die Strömungen tragen die feinen Sedimente fort und halten das Gestein und die Krusten frei. Kobaltkrusten findet man in Tiefen von 600 bis 7.000 Metern. Die dicksten und wertstoffreichsten Krusten befinden sich allerdings im oberen Bereich der Seeberghänge, die gut angeströmt werden. Im Durchschnitt liegen diese in Wassertiefen von 800 bis 2.500 Metern in der Nähe der Sauerstoffminimumzone.

Die Kobaltkrusten bilden sich, wenn Metallionen im Wasser mit Sauerstoff zu Oxiden reagieren, die sich auf dem Fels der Seeberge ablagern. Oxide können sich aber nur dort bilden, wo das Meerwasser ausreichend Sauerstoff enthält. Paradoxerweise aber finden sich an Seebergen die mächtigsten Kobaltkrusten in der Nähe der Sauerstoffminimumzone, in der das Meerwasser am wenigsten Sauerstoff enthält. Dieser Widerspruch lässt sich allerdings auflösen: Da in der Sauerstoffminimumzone sehr wenig Sauerstoff vorhanden ist, reichern sich die freien Ionen im sauerstoffarmen Wasser an. An Seamounts aber strömt sauerstoffreiches Tiefenwasser vom Meeresboden empor. So entsteht ein Durchmischungsbereich, in dem sich Oxide bilden können, die sich dann als Niederschlag auf den Gesteins­oberflächen absetzen und im Laufe der Zeit die Krusten bilden.