Die Bedeutung bakterieller Virulenzfaktoren in natürlichen dentalen Biofilmen für die Immunreaktion gingivaler Epithelzellen| Projektleitung: | Prof. Dr. rer. nat. Ruth Schmitz-Streit | | Beteiligte: | Dr. rer. nat. Daniela Langfeldt | | Förderer: | Deutsche Forschungsgemeinschaft | Mitwirkende
Institutionen: |
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| Medizinische Hochschule Hannover | | Stichwörter: | dentale Biofilme, Virulenzfaktoren; Metagenomik | | Beginn: | 1.1.2010 | | Inhalt und Ziele: | Bakterielle Biofilme der Mundhöhle sind die Ursache für Karies, Gingivitis, Paradontitis und Infektionskrankheiten mit hoher Prävalenz in der westlichen Bevölkerung. Daher ist das Ziel dieses Projektes, eine umfassende Studie über die Interaktion gemischter dentaler Biofilme mit den angrenzenden Epithelzellen des Zahnfleischs durchzuführen. Hierzu wird die Zusammensetzung der Biofilme, sowie deren Einfluss auf die epitheliale Immunantwort im Verlauf der Biofilmentwicklung studiert. Die erzielten Ergebnisse sollen dazu beitragen, neue Strategien zur Entwicklung von diagnostischen, präventiven und therapeutischen Ansätzen für entzündliche Erkrankungen zu entwickeln.
| | Kontakt: | Schmitz-Streit, Ruth
Telefon +49 431 880-4334, Fax +49 431 880-2194, E-Mail: rschmitz@ifam.uni-kiel.de
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Funktionelle Analyse der Wechselwirkungen von antimikrobiellen Peptiden mit methanogenen Archaeen und die Antwort des angeborenen Immunsystems auf Archaea| Projektleitung: | Prof. Dr. rer. nat. Ruth Schmitz-Streit | | Beteiligte: | Dr. rer. nat. Anke Schilhabel, Dr. rer. nat. Corinna Bang, Dr. rer. nat. Katrin Weidenbach | | Förderer: | Deutsche Forschungsgemeinschaft | Mitwirkende
Institutionen: |
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| LG Biophysik, Forschungszentrum Borstel | | Biochemisches Instiut der Christian-Albrechts-Universität Kiel | | Institut für Klinische Molekularbiologie des Universitätsklinikum Schleswig-Holstein (UKSH) | | Stichwörter: | antimikrobielle Peptide; menschlicher Darm; methanogene Archaeen; angeborenes Immunsystem | | Beginn: | 1.3.2010 | | Inhalt und Ziele: | Als Bestandteil der anaeroben Mikroflora des menschlichen Darms sind methanogene Archaeen in der Lage, die mikrobielle Homöostase zu beeinflussen. In diesem Zusammenhang wurde jedoch eine wechselseitige Beeinflussung des angeborenen Immunsystems durch Archaeen bisher nicht hinterfragt. Daher ist es Ziel des Projektes, den Wirkmechanismus von antimikrobiellen Peptiden auf methanogene Archaeen aus dem Darm, sowie die angeborene Immunantwort auf Archaeen zu untersuchen.
| | Kontakt: | Schmitz-Streit, Ruth
Telefon +49 431 880-4334, Fax +49 431 880-2194, E-Mail: rschmitz@ifam.uni-kiel.de
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Identifikation und funktionelle Analyse regulatorischer RNAs im Archaeon Methanosarcina mazei mit besonderem Hinblick auf Stickstoff- und allgemeiner Stress-Antwort| Projektleitung: | Prof. Dr. rer. nat. Ruth Schmitz-Streit | | Beteiligte: | Dr. rer. nat. Katrin Weidenbach, Dr. rer. nat. Dominik Jäger, Rebecca DeSantis | | Förderer: | Deutsche Forschungsgemeinschaft; Schwerpunktprogramm SPP 1258 (Sensorische und regulatorische RNAs in Prokaryoten) | | Stichwörter: | nicht-kodierende kleine RNAs; Methanosarcina mazei; Regulation des N-Metabolismus; Methylamin-Stoffwechsel | | Beginn: | 1.7.2007 | | Inhalt und Ziele: | Im Fokus des Projektes steht die Rolle von nicht-kodierenden RNAs in der Stressantwort des methanogenen Archaeon Methanosarcina mazei. Neben der genomweiten Identifizierung von nicht kodierenden RNAs (ncRNAs) mittels unterschiedlicher Ansätze werden einzelne Kandidaten und deren Regulations-
mechanismen im Detail studiert. Dabei konzentrieren wir uns auf solche, die in der Beantwortung des Stickstoff-, Sauerstoffstress oder generellen Stress involviert sind; sowie in der Regulation der Expression von Methylamin-Methyltransferasen. Ziel ist es, die Rolle von regulatorischen RNAs in M. mazei aufzudecken und ihre Funktion in der generellen Stressantwort zu identifizieren.
| | Kontakt: | Schmitz-Streit, Ruth
Telefon +49 431 880-4334, Fax +49 431 880-2194, E-Mail: rschmitz@ifam.uni-kiel.de
| | Publikationen: | - Ehlers, C. ; Weidenbach, K. ; Veit, K. ; Deppenmeier, U. ; Metcalf, W. ; Schmitz, R. A.:
Development of genetic methods and construction of chromosomal glnK1 mutant in Methanosarcina mazei strain Gö1
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In: Mol. Genet. Genomics 273 (2005), S. 290-298 - Ehlers, C. ; Weidenbach, K. ; Veit, K. ; Forchhammer, K. ; Schmitz, R. A.:
Unique mechanistic features of post translational regulation of glutamin synthetase activity in Methanosarcina mazei in response to nitrogen availability
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In: Mol. Microbiol. 55 (2005), S. 1841-1854 - Veit, K. ; Ehlers, C. ; Ehrenreich, A. ; Salmon, K. ; Hovey, R. ; Gunsalus, R. P. ; Deppenmeier, U. ; Schmitz, R. A.:
Global transcriptional analysis under different nitrogen availabilities
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In: Mol. Genet. Genomics 267 (2006), S. 41-55 - Weidenbach, K. ; Glöer, J. ; Ehlers, C. ; Sandmann, K. ; Reeve, J. ; Schmitz, R. A.:
Deletion of the archaeal histone in Methanosarcina mazei Gö1 results in reduced growth and genomic transcription
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In: Mol. Microbiol. 67 (2008), S. 662-671 - Jäger, D. ; Sharma, C.M. ; Thomsen, J. ; Ehlers, C. ; Vogel, J. ; Schmitz, R. A.:
Deep sequencing analysis of the Metnanosarcina mazei Gö1 transcriptome in response to nitrogen availability
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In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106 (2009), Nr. 51, S. 21878-21882
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Neue Antibiofilm-Klone aus marinen Metagenomdatenbanken, die mit den Signalmolekülen der Interspezies-Kommunikation interferieren| Projektleitung: | Prof. Dr. rer. nat. Ruth Schmitz-Streit | | Beteiligte: | Priv.-Doz. Dr. Nancy Weiland-Bräuer | | Förderer: | Bundesministerium für Bildung und Forschung | Mitwirkende
Institutionen: |
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| Henkel AG & Co KGaA | | Technische Universität Hamburg-Harburg | | Universitätsklinikum Eppendorf, Hamburg | | Eberhard Karls Universität Tübingen | | Universität Hamburg | | Ludwig-Maximilians-Universiät München | | Stichwörter: | Marine Konsortien; Biofilme; Quorum Sensing; Biotechnologie | | Beginn: | 1.9.2006 | | Inhalt und Ziele: | Der Schwerpunkt des Projektes liegt darin, einen möglichst detaillierten Einblick in marine mikrobielle Konsortien und Biofilme zu erhalten. Um die Ökologie und die Kommunikation der unterschiedlichen Mikroorganismen in gemischten Konsortien auf molekularer Ebene zu analysieren, werden Methoden der Metagenomik verwendet. Dabei ist das Ziel des Projektes, neue Komponenten zu identifizieren, die die Kommunikation zwischen den Mikroorganismen stören und damit die Ausbildung von gemischten Biofilmen verhindern.
| | Kontakt: | Schmitz-Streit, Ruth
Telefon +49 431 880-4334, Fax +49 431 880-2194, E-Mail: rschmitz@ifam.uni-kiel.de
| | Publikationen: | - Henne, A. ; Schmitz, R. A. ; Bömeke, M. ; Gottschalk, G. ; Daniel, R.:
Screening of environmental DNA libraries for the presence of genes conferring lipolytic acitvity to Escherichia coli
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In: Appl. Environ. Microbiol. 66 (2000), S. 3113-3116 - Schmeisser, C. ; Stöckigt, C. ; Raasch, C. ; Wingender, J. ; Timmis, K. N. ; Wenderoth, D. F. ; Flemming, H.-C. ; Liesegang, H. ; Schmitz, R. A. ; Jaeger, K.-E. ; Streit, W. R.:
Metagenome survey of biofilms in drinking water networks
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In: Appl. Environ. Microbiol. 69 (2003), S. 7298-7309 - Streit, W. R. ; Schmitz, R. A.:
Metagenomics - the key to the uncultured microbes
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In: Curr. Opin. Microbiol. 7 (2004), S. 492-498
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SFB754 - B3: Sensitivität der biologischen Stickstofffixierung im Ozean gegenüber gelöstem Sauerstoff| Projektleitung: | Prof. Dr. rer. nat. Ruth Schmitz-Streit, Prof. Dr. phil. Julie LaRoche | | Förderer: | Deutsche Forschungsgemeinschaft | | Laufzeit: | 1.1.2008 - 31.12.2011 | | Inhalt und Ziele: | Die biologische Stickstoff (N2)-Fixierung spielt für den Stickstoffeintrag der Ozeane eine entscheidende Rolle. Hohe Nitrat- und niedrige Sauerstoffkonzentrationen begünstigen den Stickstoffverlust, wohingegen postuliert wird, dass die hieraus resultierenden niedrigen N/P Verhältnisse die N2-Fixierung fördern. In diesem Projekt sollen die direkten Effekte und die indirekten Effekte (über das N/P Verhältnis) von Sauerstoff auf die N2-Fixierungsraten und die Diversität der funktionellen Gene von N2-fixierenden Mikroorganismen analysiert werden. Mittels eines Metagenom-Ansatzes soll ferner untersucht werden, ob und in welchem Ausmaß phylogenetisch nah verwandte N2-fixierende Subspecies (Ökotypen) an die spezifischen Nährstoffverhältnisse und Sauerstoffkonzentrationen angepasst sind.
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Untersuchungen zur Membranassoziation des negativen Regulators NifL in Klebsiella pneumoniae in Abhängigkeit von Sauerstoffanwesenheit| Projektleitung: | Prof. Dr. rer. nat. Ruth Schmitz-Streit | | Beteiligte: | Dr. rer. nat. Robert Thummer, Dipl.-Biol. Jens Glöer | | Förderer: | Deutsche Forschungsgemeinschaft | | Stichwörter: | N_2_-Fixierung; |Klebsiella pneumoniae|; Signalperzeption; Transkriptionsregulation | | Beginn: | 1.5.2005 | | Inhalt und Ziele: | Klebsiella pneumoniae ist unter Sauerstoff und Stickstoff-limitierten Wachstumsbedingungen in der Lage, molekularen Stickstoff auf die Stufe des Ammoniums zu reduzieren. Die Synthese des Schlüsselenzyms Nitrogenase wird in Abhängigkeit von molekularem Sauerstoff und Ammonium auf Transkriptionsebene reguliert. Der Mechanismus dieser Regulation beruht auf der unterschiedlichen Lokalisierung des negativen Regulators NifL der in Abhängigkeit von den Umweltsignalen den Transkriptionsfaktor NifA in seiner Aktivität moduliert. Nur in Abwesenheit von Sauerstoff und Ammonium liegt NifL Membran-assoziiert vor, und ermöglicht so die NifA-abhängige Aktivierung der nif-Gene im Cytoplasma. Ziel des dargestellten Projektes ist es, (i) den initialen Membrankontakt des NifL-Proteins zu analysieren und (ii) die Perzeption und Weiterleitung des Ammoniumsignals zu charakterisiern.
| | Kontakt: | Schmitz-Streit, Ruth
Telefon +49 431 880-4334, Fax +49 431 880-2194, E-Mail: rschmitz@ifam.uni-kiel.de
| | Publikationen: | - Stips, J. ; Thummer, R. ; Neumann, M. ; Schmitz, R. A.:
GlnK effect complex formation between NifA and NifL in Klebsiella pneumoniae transduction by GlnK
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In: Eur. J. Biochem. 271 (2004), S. 3379-3388 - Thummer, R. ; Klimmek, O. ; Schmitz, R. A.:
Biochemical studies of Klebsiella pneumoniae NifL reduction using reconstituted partial anaerobic respiratory chains of Wolinella succinogenes
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In: J. Biol. Chem. 282 (2007), S. 12517-12526
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