Aufgrund unserer Arbeitsgebiete in verschiedenen Ozean-Becken greifen wir vor allem auf die mittelgroßen und großen Schiffe der Deutschen Forschungsschiffflotte zurück. Neben der am GEOMAR beheimateten FS Alkor (Mittelmeer/Nordatlantik) sind dies vor allem FS Meteor (Atlantik), FS Maria S. Merian (Nordatlantik) und die neue FS Sonne (Pazifik/Indischer Ozean).
In Zusammenarbeit mit Kollegen aus aller Welt sind wir aber auch mit Forschungsschiffen anderer Nationen unterwegs, wie z.B. RV James Cook (UK), NO L'Atalante/NO Pourqui Pas? (beide Frankreich), RV Kilo Moana/DV JOIDES Resolution (beide USA), RV Falkor (privat), und die RV Pelagia (Niederlande).